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蛋白质序列分析和结构预测

作者:澳门赌场下载发布时间:2017-10-16 09:48浏览:

【实验目的】
1、掌握蛋白质序列检索的操作方法;
2、熟悉蛋白质基本性质分析;
3、熟悉基于序列同源性分析的蛋白质功能预测,了解基于motif、 结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测;
4、了解蛋白质结构预测。
【实验内容】
1、使用 Entrez或SRS信息查询系统检索人脂联素 (adiponectin)蛋白质序列;
2、使用BioEdit软件对上述蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成、和疏水性等基本性质分析;
3、对人脂联素蛋白质序列进行基于NCBI/Blast软件的蛋白质同源性分析;
4、对人脂联素蛋白质序列进行motif结构分析;
5、对人脂联素蛋白质序列进行二级结构和三维结构预测。
【实验方法】
1、人脂联素蛋白质序列的检索:
(1)调用Internet浏览器并在其地址栏输入Entrez网址 (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez);
(2)在Search后的选择栏中选择protein;
(3)在输入栏输入homo sapiens adiponectin;
(4)点击go后显示序列接受号及序列名称;
(5)点击序列接受号 NP_004788 (adiponectin precursor; adipose most abundant gene transcript 1 [Homo sapiens])后显示序列详细信息;
(6)将序列转为FASTA格式保存(参考上述步骤使用SRS信息查询系统检索人脂联素蛋白质序列);
2、使用BioEdit软件对人脂联素蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成和疏水性等基本性质分析:
打开 BioEdit软件→将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列输入分析框→点击左侧序列说明框中的序列说明→点击sequence栏→选择 protein→点击Amino Acid Composition→查看该蛋白质分子质量和氨基酸组成;
或者选择protein后,点击 Kyte & Doolittle Mean Hydrophobicity Profile→查看该蛋白质分子疏水性水平;
3、人脂联素蛋白质序列的蛋白质同源性分析:
(1)进入NCBI/Blast网页;
(2)选择Protein-protein BLAST (blastp) ;
(3)将FASTA格式序列贴入输入栏;
(4)点击BLAST;
(5)查看与之同源的蛋白质;
4、人脂联素蛋白质序列的motif结构分析:
(1)进入http://hits.isb-sib.ch/cgi-bin/PFSCAN网页;
(2)将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏;
(3)点击Scan;
(4)查看分析结果(注意Prosite Profile中的motif information);
5、人脂联素蛋白质序列的二级结构预测:
(1) 进入下列蛋白结构预测服务器网址:
http//www.embl-heidelberg.de/predictprotein//predictprotein.html (The PredictProtein Server);
(2)在You can栏点击default;
(3)填写email地址和序列名称;
(4)将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏点击Submit;
(5)从email信箱查看分析结果;
6、人脂联素蛋白质序列的三维结构预测:
(1) 进入
http//www.expasy.org/swissmod/SWISS-MODEL.html (SwissModel First Approach Mode)网页;
(2)填写email地址、姓名和序列名称;
(3)将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏;
(4)点击Send Request;
(5)从email信箱查看分析结果(注:需下载软件入rasmol查看三维图象)。